O disco Danças, lançado em 1994, já pela Verve, marcou o início de uma nova fase e de um novo duo, que persiste até hoje, com o pianista Mário Laginha. Após vários anos de projectos comuns com uma zanga feia pelo meio – Laginha fez parte do quinteto inicial, voltando a trabalhar com a cantora em 1991, no grupo Cal Viva – os dois músicos empenharam-se num disco diferente, só com piano e voz.

Seguiram-se-lhe, até 2005, mais 7 discos em conjunto: Fábula, Cor, Lobos, Raposas e Coiotes, Chorinho Feliz, Mumadji (ao vivo), Undercovers e Tralha. A cumplicidade entre Maria João e Mário Laginha tem feito deste encontro um dos mais felizes da música portuguesa, bem comprovado na originalidade e consistência de um duo com mais de dez anos.

Para além dos trabalhos discográficos, João e Laginha têm sido convidados a integrar diversos projectos, com destaque para: o espectáculo “Raízes Rurais, Paixões Urbanas”, encenado por Ricardo Pais, em 1998, onde o fado e a música folclórica e tradicional se cruzavam com a música do duo; a colaboração com a companhia do coreógrafo Paulo Ribeiro, onde temas dos discos Fábula e Cor foram transportados para a linguagem da dança, num espectáculo estreado no P.O.N.T.I, em 1999 e intitulado “Ao Vivo”; a participação na curta-metragem “Canção Distante”, de Pedro Serrazina, no âmbito do Porto 2001 – Capital Europeia da Cultura; o espectáculo “O Movimento do Som. O Som do Movimento”, em 2002, projecto de fusão entre a música e as Artes do Budô (artes marciais japonesas), realizado em conjunto com o Tenchi International, local onde a cantora pratica Aikido.

No final de 2008 Maria João voltou ao estúdio com Mário Laginha para a edição de um álbum comemorativo de 25 anos de carreira. Chocolate regressa à formação de quinteto do primeiro disco editado com a participação de ambos (Quinteto Maria João – 1983) e conta com um conjunto de temas originais e standards que evocam a sonoridade jazz do início da suas carreiras.